From Single-cell to Spatial Transcriptomics: An Introduction on Experimental Platforms and Data Analysis
- 主辦單位
- 國家衛生研究院
- 指導單位
- 衛生福利部科技發展組
- 補(捐)助計畫:
- 主要計畫:
衛生福利部推動癌症轉譯研究跨機構合作平台及臨床研究資訊共享(計畫編號: MOHW113-TDU-B-222-134014) - 其他計畫:
- 科技部生技醫藥生物資訊核心設施 (計畫編號: NSTC 112-2740-B-400-005)
本次研習會旨在研討如何利用高通量數據(high-throughput data)所提供之特殊機會，來提高生物醫學實驗之真實性(validity)、再現性(reproducibility)與全面性(comprehensiveness)，並促進各相關領域的合作。高通量技術中的單細胞RNA定序(single-cell RNA sequencing)與空間轉錄體(spatial transcriptomics) 逐漸成為當今生物學研究中的重要工具。單細胞RNA定序可以單一細胞為研究單位，更精確地探討腫瘤細胞的異質性、腫瘤微環境的組成，更可以進一步揭示單細胞層次上腫瘤細胞的分子特徵、功能路徑、細胞間相互作用，有助於深入了解腫瘤的發生和惡性進展過程，而結合空間轉錄體的資訊還可以提供更多關於腫瘤組織中不同區域細胞的空間分佈和相互作用的信息，從而更全面地揭示腫瘤的組成、細胞之空間分佈與病理機轉。這些工具的結合開拓了許多前所未見的新研究方向，有望進一步深入我們對腫瘤的理解。將有助於癌症研究同好開發新的診斷或預後標記與治療方法。
有鑒於此，此次課程將簡介這些技術之基本原理、資料產生流程與最新研究技術發展。適合對單細胞RNA定序與空間轉錄體技術應用與其資料分析有興趣者參加。歡迎踴躍參加~
113年 5 月 2 日 星期四
國家衛生研究院
圖資大樓5F電腦教室
- 報名資格及費用
- 本課程為免費，學員正取以執行衛生福利部111至114年跨機構合作的癌症轉譯研究計畫機構/研究團隊優先及依報名順序錄取，請於報名時勾選所屬計畫，額滿為止。
- 上課人數
-
50名(其中30名需自備電腦，依報名順序安排)
| Time | Topic | Speaker |
|---|---|---|
| 08:30~09:00 | Registration/報到 | |
| 09:00~09:05 | Opening Remarks/開幕致詞 | 劉柯俊 執行長 |
| 09:05~09:50 |
Introduction on generation and analysis of single-cell and spatial transcriptomics data 單細胞與空間轉錄體資料產生與數據分析簡介 |
江士昇 副研究員 |
| 09:50-10:00 | Q&A | |
| 10:00~10:10 | Break/休息 | |
| 10:10~11:10 |
Single-cell RNA sequencing data analysis: preprocessing, cell typing and pathway analysis 單細胞RNA定序資料分析簡介：預處理、細胞分型與路徑分析 |
江士昇 副研究員 李詩苗 博士 吳怡儒 博士 |
| 11:10~12:10 |
An interactive web tool for integrated single-cell RNA sequencing data analysis 網頁互動式單細胞RNA定序資料分析軟體簡介與實作 |
黃柏榕 副教授 助教: 蔡芳榆 女士 李詩苗 博士 吳怡儒 博士 |
| 12:10~12:20 | Q&A | |
| 12:20~13:20 | Lunch break/午餐 | |
| 13:20~14:00 |
Update in single-cell RNA sequencing and spatial genomics technologies for cancer research 應用於癌症研究之單細胞RNA定序與空間基因組學新技術與原理簡介 |
陳泳男 應用科學家 |
| 14:00~14:10 | Q&A | |
| 14:10-14:20 | Break/休息 | |
| 14:20~15:00 |
Introduction of Space ranger and Loupe Browser analysis software Space ranger 和Loupe browser分析軟體介紹 |
吳廷翰 產品主任 |
| 15:00~15:40 |
Spatial transcriptomics data analysis with Partek Flow analysis software Partek Flow分析軟體於空間轉錄體資料分析之應用 |
邱暄雅 生物資訊專員 |
| 15:40~16:00 | Q & A/綜合討論 | |
*江士昇 國家衛生研究院 癌症研究所 副研究員
*黃柏榕 長庚大學 生物醫學系 副教授
*陳泳男 世基生物醫學股份有限公司 應用科學家
*吳廷翰 世基生物醫學股份有限公司 產品主任
*邱暄雅 均泰生物科技股份有限公司 生物資訊專員
*李詩苗 國家衛生研究院 感染症與疫苗研究所 博士後研究員
*吳怡儒 國家衛生研究院 群體健康科學研究所 博士後研究員
實作課程助教：
*吳怡儒 國家衛生研究院 群體健康科學研究所 博士後研究員
*李詩苗 國家衛生研究院 感染症與疫苗研究所 博士後研究員
*蔡芳榆 國家衛生研究院 癌症研究所 研究助理
- 線上報名：請至活動報名網頁報名，即日起至113年4月15日星期一或額滿為止。
- 活動網址：https://mohwcrp.tw/education/workshop/course_20240502
- 報名網頁：請至https://mohwcrp.tw/workshop/
注意事項
- 參加者請詳實填寫報名資訊，包含服務單位、E-mail及連絡電話等，俾利寄發報到通知。報名成功者將於 4月16日(星期二)E-mail通知上課說明。
- 本教育訓練為免費，為維持上課品質，請於上課前10分鐘完成報到。
- 電腦教室不能攜帶飲料進出 (包含食物及開水、飲料)。
- 報名成功者敬備午餐，請憑餐券領取便當。
- 完成訓練課程將核發證書，提醒您課程結束時向工作人員索取。
- 本課程提供竹北高鐵站/竹南火車站接駁，院內亦有訪客停車位(待確認後公告)。
- 主辦單位保有最終修改、變更、暫停或終止本課程內容之權利，並以網站公告為準，若有其他未盡事宜，悉依本課程相關規定或解釋。
洽詢方式
電話：(037) 206166 轉 35132 / 35108
傳真：(037) 586463
E-mail：Hsincih@nhri.edu.tw 或 ellenwu@nhri.edu.tw