服務項目
簡介

國衛院的核心儀器設施中心將與臺北醫學大學癌症轉譯核心設施共同組成一個基因體與臨床檢測服務平台,並且這兩個核心設施的服務能量可以互相支援、截長補短,為參與計畫的癌症研究機構提供最完善、精確的服務。利用國衛院與北醫現有之癌症研究支援幫助第三期癌症計畫之執行,並整合跨機構之核心實驗室,提供癌症檢測標準化與國際化的服務。國衛院與北醫的技術平台互相支援模式可以做為其他不同領域之實驗室的整合模範,達到國家資源共享之最終目的。

聯絡人:

業務項目 聯絡人
體學研究服務 臺北醫學大學 聯合人體生物資料庫
劉韻如主任 d90444002@tmu.edu.tw
國衛院 核心儀器設施中心
游美淑主任 youms@nhri.edu.tw
核心儀器設備
癌症生物資訊 國衛院癌症研究所
江士昇 助研究員 ssjiang@nhri.edu.tw

體學研究服務
NGS 規格

16S Metagenomic Sequencing(v3-v4)

PE300,>100,000 Reads

RNA QC

Qubit Quantitative,Bioanalyzer RNA Integrity Number (RIN)

Stranded mRNA Sequencing

Poly A captured,PE150,30M ~ 200M reads 或依使用者需求

Total RNA Sequencing

rRNA Depletion,PE150,50M ~ 200M reads 或依使用者需求

RNA Exome Sequencing

Capture Based,21,415 Target genes,PE150,30M ~ 200M reads 或依使用者需求

Small RNA Sequencing

SE50,2M ~ 10M reads 或依使用者需求

Whole Genome Sequencing (Human)

PE150,30X ~ 120X

Whole Exome Sequencing (Human)

Capture Based,45 Mb (Illumina) / 67 Mb (SureSelect),PE150,100X ~ 300X

CHIP-Sequencing

PE150,10M ~ 40M reads 或依使用者需求

MeDIP-Sequencing

PE150,60M reads 或依使用者需求

Targeted DNA Methylation Sequence

PE300,1000X

多重癌症藥物基因

Hotspot (35 genes)

AKT1, ALK, AR, BRAF, CDK4, CTNNB1, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ESR1, FGFR2, FGFR3, GNA11, GNAQ, HRAS, IDH1, IDH2, JAK1, JAK2, JAK3, KIT, KRAS, MAP2K1, MAP2K2, MET, MTOR, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, RAF1, RET, ROS1, SMO

CNV (19 genes)

ALK, AR, BRAF, CCND1, CDK4, CDK6, EGFR, ERBB2, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, KIT, KRAS, MET, MYC, MYCN, PDGFRA, PIK3CA

Fusion (23 genes)

ABL, AKT3, ALK, AXL, BRAF, ERG, ETV1, ETV4, ETV5, EGFR, ERBB2, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PPARG, RAF1, RET, ROS1

乳癌/ 卵巢癌藥物基因

100% exonic coverage

BRCA1, BRCA2

肺癌藥物基因

169 hotspots and indels

ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, KRAS, MAP2K1, MET, NRAS, PIK3CA, ROS1, TP53

大腸癌藥物基因

236 hotspots and indels

AKT1, BRAF, CTNNB1, EGFR, ERBB2, FBXW7, GNAS, KRAS, MAP2K1, NRAS, PIK3CA, SMAD4, TP53, APC

乳癌藥物基因

152 hotspots and indels

AKT1, EGFR, ERBB2, ERBB3, ESR1, FBXW7, KRAS, PIK3CA, SF3B1, TP53

遺傳性腸癌基因

APC, AXIN2, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, CDH1, CHEK2, EPCAM, FAN1, GALNT12, MLH1, MLH3, MSH2, MSH6, MUTYH, PMS1, PMS2, POLD1, POLE, PTEN, SMAD4, STK11, TGFBR2, TP53

遺傳性乳癌基因

ATM​, BARD1​, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CHEK2, ESR1, MLH1, MRE11A, MSH2, MSH6, MUTYH, NBN, NF1, NF2, PALB2, PMS2, PTEN​, RAD50​, RAD51B, RAD51C, RAD51D, STK11, TOX3, TP53, XRCC2

Dementia & HSP

ABCD1, APOE, APP, ATL1, CHMP2B, CSF1R, CYP7B1, FA2H, FUS, GRN, MAPT, NEU1, NOTCH3, NPC1, PRNP, PSEN1, PSEN2, SERPINI1, SPAST, TARDBP, TYROBP, VCP

Parkinsonism

ATP13A2, PARK7(DJ1), EIF4G1, FBXO7, GBA, HTRA2, LRRK2, MAPT, PARK2, PINK1, PLA2G6, SNCA, UCHL1(UCHC1), VPS35

Dystonia

ATP1A3, ATP7B, FTL, GCH1, PANK2, PNKD, PRKRA, PRRT2, SGCE, SLC2A1, SPR, TAF1, TH, THAP1, TOR1A

Ataxia

AFG3L2, ATXN1, ATXN2, ATXN3, ATXN7, ATXN8OS, BEAN1, FGF14, KCNC3, KCND3, PDYN, PPP2R2B, PRKCG, TBP, TGM6

非典型溶血性
尿毒症候群基因

C2, C3, CD46, CFB, CFH, CFHR1, CFHR3, CFHR4, CFHR5, CFI, DGKE, PLG, THBD

Clariom™ D系列晶片
Responsive image Responsive image
  • Amino acid
  • Glycolysis
  • Pentose phosphate pathway
  • TCA
  • Urea cycle
  • 以上路徑之代謝產物

可偵測的標準品

Responsive image
 
Responsive image
 
Responsive image
 
Responsive image
Micro-Western Array (約700>種抗體)

Adherens Junction Dynamics

Cytoskeletal Signaling

Metabolism

Apoptosis Signaling

Autophagy Signaling

Ca_ cAMP _Lipid Signaling

Cell Cycle/DNA Damage

Epigenetics

Cytokines & Growth Factors

Lymphocyte Signaling

Jak_Stat Signaling

NF-κB Signaling

Translational control/mTOR Signaling

Neuroscience Signaling

MAP Kinase Signaling

ErbB/HER Signaling

PI3K / Akt Signaling

TGF-β / Smad Signaling

Ubiquitin / Proteasome

Wnt / β-Catenin Signaling

Phosphotases

Nuclear Receptor Signaling

Protein Folding

Smad Signaling


核心設施儀器設備

Illumina MiSeq
NovaSeq
Ion Torrent PGM

Affymetrix© GeneChip system

Rotor-Gene Q
cobas® 4800 System

Droplet Digital PCR

Agilent Bioanalyzer 
Covaris M220 

Leica TCS SP5, SP5II
Nikon N-SIM
Cell Imaging system AF 6000LX

BioPlex

UPLC-XeVo TQ
UPLC-XeVo QTOF
NanoUPLC-Synapt G2 HDMS

Nano plotter
微量細胞液微陣列分注平台

Nanolive 3D Cell Explorer
Influx
Attune NxT
Extracellular Flux Analyzer
xCELLigence

IsoFlux
KuiqpicK
DEPArray

癌症生物資訊
簡介

針對第三期癌症研究計畫成員,我們提供癌症生物資訊諮詢服務及合作研究、流行病學及生物統計諮詢服務及合作研究、與「生技醫藥生物資訊核心設施」密切合作進行服務轉介。

服務內容
  1. 癌症生物資訊諮詢服務及合作研究
    1. 提供與癌症基因體相關之生物資訊方法諮詢及合作研究,包括GWAS、表觀基因體(epigenetics, DNA methylation等)、轉錄體、非轉譯核酸(non-coding RNA)、代謝體、表面抗原分析等。
    2. 針對癌症治療藥物標的的開發研究,我們可提供多層次的整合分析,並且可以對於NGS分析技術的研發與遺傳關聯性,提供諮詢服務。此外,本計畫也可提供利用GEO、Oncomine、TCGA等公共領域資料庫進行研究的諮詢服務。
    3. 剖析腫瘤組織微環境之細胞組成之生物資訊分析,解析各類癌症腫瘤組織中免疫細胞組成,幫助癌症免疫治療之研發與應用。
  2. 流行病學及生物統計諮詢服務及合作研究
    依個別計畫的需要,提供下列各項資訊或諮詢,或以合作研究的方式提供服務。了樽節人力,我們提供生物統計服務的原則為:例行分析轉介予生技醫藥生物資訊核心設施,需要探討研究(實驗)設計與分析方法的計畫,則以合作研究的方式進行。
    1. 提供個別癌症的發生率資訊,計算個別癌症每個年齡層每一年度發生率增加的百分比(Chien et al, 2015, Chien et al, 2017, 並詳Program 3)。
    2. 提供癌症的一年及五年的net survival,以及net survival、social economic status (SES) 及年齡層三者之間的相互關係,以做為癌症研究選題之參考。
    3. 從實驗設計及資料分析,以至早期診斷/治療/藥物/預後預測等生物標的之研究,進行合作,幫助整體提升癌症研究的能量。
  3. 與「生技醫藥生物資訊核心設施」密切合作進行服務轉介
    鑒於生物資訊領域涵蓋範圍廣,我們的生物資訊服務,將透過服務轉介的方式,與「生技醫藥生物資訊核心設施」(簡稱E2核心)密切合作,使得該核心所具備的多項領先業界及學界之生物資訊技術,能為三期癌症研究計畫所應用。本計畫的服務分為兩類,其一為單純的委託分析,將轉介給E2核心,依核心收費的規定辦理;其二為深入的合作研究,將由國衛院研究人員組成適當團隊合作進行。
TOP