國衛院的核心儀器設施中心將與臺北醫學大學癌症轉譯核心設施共同組成一個基因體與臨床檢測服務平台，並且這兩個核心設施的服務能量可以互相支援、截長補短，為參與計畫的癌症研究機構提供最完善、精確的服務。利用國衛院與北醫現有之癌症研究支援幫助癌症研究計畫之執行，並整合跨機構之核心實驗室，提供癌症檢測標準化與國際化的服務。國衛院與北醫的技術平台互相支援模式可以做為其他不同領域之實驗室的整合模範，達到國家資源共享之最終目的。
聯絡人：
| 業務項目 | 聯絡人 |
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| 體學研究服務 |
臺北醫學大學 聯合人體生物資料庫 劉韻如主任 d90444002@tmu.edu.tw 國衛院 核心儀器設施中心 游美淑主任 youms@nhri.edu.tw |
| 核心儀器設備 | |
| 癌症生物資訊 |
國衛院癌症研究所 江士昇 助研究員 ssjiang@nhri.edu.tw |
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多重癌症藥物基因 |
Hotspot (35 genes) |
AKT1, ALK, AR, BRAF, CDK4, CTNNB1, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ESR1, FGFR2, FGFR3, GNA11, GNAQ, HRAS, IDH1, IDH2, JAK1, JAK2, JAK3, KIT, KRAS, MAP2K1, MAP2K2, MET, MTOR, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, RAF1, RET, ROS1, SMO |
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CNV (19 genes) |
ALK, AR, BRAF, CCND1, CDK4, CDK6, EGFR, ERBB2, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, KIT, KRAS, MET, MYC, MYCN, PDGFRA, PIK3CA |
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Fusion (23 genes) |
ABL, AKT3, ALK, AXL, BRAF, ERG, ETV1, ETV4, ETV5, EGFR, ERBB2, FGFR1, FGFR2, FGFR3, MET, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PPARG, RAF1, RET, ROS1 |
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乳癌/ 卵巢癌藥物基因 |
100% exonic coverage |
BRCA1, BRCA2 |
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肺癌藥物基因 |
169 hotspots and indels |
ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, KRAS, MAP2K1, MET, NRAS, PIK3CA, ROS1, TP53 |
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大腸癌藥物基因 |
236 hotspots and indels |
AKT1, BRAF, CTNNB1, EGFR, ERBB2, FBXW7, GNAS, KRAS, MAP2K1, NRAS, PIK3CA, SMAD4, TP53, APC |
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乳癌藥物基因 |
152 hotspots and indels |
AKT1, EGFR, ERBB2, ERBB3, ESR1, FBXW7, KRAS, PIK3CA, SF3B1, TP53 |
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遺傳性腸癌基因 |
APC, AXIN2, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, CDH1, CHEK2, EPCAM, FAN1, GALNT12, MLH1, MLH3, MSH2, MSH6, MUTYH, PMS1, PMS2, POLD1, POLE, PTEN, SMAD4, STK11, TGFBR2, TP53 |
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遺傳性乳癌基因 |
ATM, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CHEK2, ESR1, MLH1, MRE11A, MSH2, MSH6, MUTYH, NBN, NF1, NF2, PALB2, PMS2, PTEN, RAD50, RAD51B, RAD51C, RAD51D, STK11, TOX3, TP53, XRCC2 |
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Dementia & HSP |
ABCD1, APOE, APP, ATL1, CHMP2B, CSF1R, CYP7B1, FA2H, FUS, GRN, MAPT, NEU1, NOTCH3, NPC1, PRNP, PSEN1, PSEN2, SERPINI1, SPAST, TARDBP, TYROBP, VCP |
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Parkinsonism |
ATP13A2, PARK7(DJ1), EIF4G1, FBXO7, GBA, HTRA2, LRRK2, MAPT, PARK2, PINK1, PLA2G6, SNCA, UCHL1(UCHC1), VPS35 |
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Dystonia |
ATP1A3, ATP7B, FTL, GCH1, PANK2, PNKD, PRKRA, PRRT2, SGCE, SLC2A1, SPR, TAF1, TH, THAP1, TOR1A |
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Ataxia |
AFG3L2, ATXN1, ATXN2, ATXN3, ATXN7, ATXN8OS, BEAN1, FGF14, KCNC3, KCND3, PDYN, PPP2R2B, PRKCG, TBP, TGM6 |
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非典型溶血性
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C2, C3, CD46, CFB, CFH, CFHR1, CFHR3, CFHR4, CFHR5, CFI, DGKE, PLG, THBD |
- Amino acid
- Glycolysis
- Pentose phosphate pathway
- TCA
- Urea cycle
- 以上路徑之代謝產物
可偵測的標準品
| Micro-Western Array (約700>種抗體) | |||||
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Adherens Junction Dynamics |
Cytoskeletal Signaling |
Metabolism |
Apoptosis Signaling |
Autophagy Signaling |
Ca_ cAMP _Lipid Signaling |
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Cell Cycle/DNA Damage |
Epigenetics |
Cytokines & Growth Factors |
Lymphocyte Signaling |
Jak_Stat Signaling |
NF-κB Signaling |
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Translational control/mTOR Signaling |
Neuroscience Signaling |
MAP Kinase Signaling |
ErbB/HER Signaling |
PI3K / Akt Signaling |
TGF-β / Smad Signaling |
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Ubiquitin / Proteasome |
Wnt / β-Catenin Signaling |
Phosphotases |
Nuclear Receptor Signaling |
Protein Folding |
Smad Signaling |
微量細胞液微陣列分注平台
簡介
針對癌症研究計畫成員，我們提供癌症生物資訊諮詢服務及合作研究、流行病學及生物統計諮詢服務及合作研究、與「生技醫藥生物資訊核心設施」密切合作進行服務轉介。
服務內容
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癌症生物資訊諮詢服務及合作研究
- 提供與癌症基因體相關之生物資訊方法諮詢及合作研究，包括GWAS、表觀基因體(epigenetics, DNA methylation等)、轉錄體、非轉譯核酸（non-coding RNA）、代謝體、表面抗原分析等。
- 針對癌症治療藥物標的的開發研究，我們可提供多層次的整合分析，並且可以對於NGS分析技術的研發與遺傳關聯性，提供諮詢服務。此外，本計畫也可提供利用GEO、Oncomine、TCGA等公共領域資料庫進行研究的諮詢服務。
- 剖析腫瘤組織微環境之細胞組成之生物資訊分析，解析各類癌症腫瘤組織中免疫細胞組成，幫助癌症免疫治療之研發與應用。
- 流行病學及生物統計諮詢服務及合作研究
依個別計畫的需要，提供下列各項資訊或諮詢，或以合作研究的方式提供服務。了樽節人力，我們提供生物統計服務的原則為：例行分析轉介予生技醫藥生物資訊核心設施，需要探討研究(實驗)設計與分析方法的計畫，則以合作研究的方式進行。- 提供個別癌症的發生率資訊，計算個別癌症每個年齡層每一年度發生率增加的百分比(Chien et al, 2015, Chien et al, 2017, 並詳Program 3)。
- 提供癌症的一年及五年的net survival，以及net survival、social economic status (SES) 及年齡層三者之間的相互關係，以做為癌症研究選題之參考。
- 從實驗設計及資料分析，以至早期診斷/治療/藥物/預後預測等生物標的之研究，進行合作，幫助整體提升癌症研究的能量。
- 與「生技醫藥生物資訊核心設施」密切合作進行服務轉介
鑒於生物資訊領域涵蓋範圍廣，我們的生物資訊服務，將透過服務轉介的方式，與「生技醫藥生物資訊核心設施」(簡稱E2核心)密切合作，使得該核心所具備的多項領先業界及學界之生物資訊技術，能為三期癌症研究計畫所應用。本計畫的服務分為兩類，其一為單純的委託分析，將轉介給E2核心，依核心收費的規定辦理；其二為深入的合作研究，將由國衛院研究人員組成適當團隊合作進行。