高通量資料分析研習會:基因表現分析為例
(南部場)
主辦單位
國家衛生研究院
協辦單位
台北醫學大學
補(捐)助計畫:
主要計畫:
衛生福利部「第3期癌症研究跨機構合作平台及其整合應用」計畫
(計畫編號: MOHW108-TDU-B-212-124026)
其他計畫:
科技部生技醫藥生物資訊核心設施
(計畫編號: MOST107-2319-B400-001)
指導單位
衛生福利部科技組

簡介

本次研習會旨在研討如何利用高通量數據(high-throughput data)所提供之特殊機會,來提高生物醫學實驗之真實性(validity)與再現性(reproducibility),並促進各相關領域的合作。

基因表現反映了細胞的企圖,所以探究基因表現的圖譜(profile)往往能夠一窺究竟細胞於疾病發生或病程演進中所涉之分子層次的數量(quantitative)或質性(qualitative)的變化,除能幫助了解疾病之機轉外,亦提供吾人相關之疾病相關分子特徵(signature),後者更可供輔佐臨床診斷或預後之實行。能夠有效分析並利用以大規模臨床檢體之基因組表現研究計畫所產生之高通量基因表現數據,正是當代研究者據以進入精準醫學殿堂之基礎。本次研習將分享如何著重再現性、統計推論、以及生物路徑解釋的分析經驗與心得,並介紹近來極受重視的組織微環境中異質細胞組成分析法之原理與實作應用。茲簡述課程內容如下:

  1. 高通量數據資料的品質控制(quality control):利用數據本身提供的negative/positive control probe及其資料之高通量(high-throughput)特性對資料提供品質檢查,排除品質不好的樣本;
  2. 顯著性分析(statistical significance):利用高通量資料的特性來估計已知或未知的batch effect/confounding variable,並放入適合的統計模型減輕它的影響,用以增加統計方法的power,並降低false discovery rate;
  3. 生物路徑分析(biological pathway analysis):探討如何利用高通量資料,產出在生物路徑層次的分析,得到更好的生物學解釋與及其真實性。
時間
108年9月3日(二)

地點
國立成功大學(台南市東區大學路一號)
4263 視聽教室(成功校區資訊工程系館大樓2樓)(上午)
65304 PC教室(成功校區資訊工程系館大樓3樓)(下午)

報名費
本教育訓練(workshop)為免費,提供三期癌症計畫機構優先報名,額滿為止

上課人數
【上午】100人
【下午實作】100人
議程:
108年9月3日(二)
時間 題目 講員
09:00-10:00 Bioinformatics for some cancer research Dr. I-Shou Chang
10:00-11:00 Introduction to utilization of public domain gene expression data repository for cancer research Dr. Shih Sheng Jiang
11:00-12:00 Introduction to transcriptome data analysis focusing on data preprocessing, pathway analysis, and cell typing analysis Dr. Chung-Hsing Chen
休 息
13:30-15:00 Pathway analysis for gene expression profiling studies (array and RNA-seq) using GSEA (hands-on practice) Ms. Fang-Yu Tsai
Dr. Chung-Hsing Chen
Dr. Shih Sheng Jiang
15:00-15:30 Introduction to xCell (hands-on practice) Dr. Chung-Hsing Chen
15:30-16:00 Questions and Answers Dr. Shih Sheng Jiang
Dr. Chung-Hsing Chen
Ms. Fang-Yu Tsai

*張憶壽 國家衛生研究院 癌症研究所 名譽研究員
*江士昇 國家衛生研究院 癌症研究所 助研究員
*陳中興 國家衛生研究院 癌症研究所 博士後研究員
*蔡芳榆 國家衛生研究院 癌症研究所 研究助理

 

報名方式:
  1. 線上報名:請至活動報名網頁報名,即日起至108年8月21日(星期三)或額滿為止。
  2. 活動網址: https://mohwcrp.tw/education/workshop/course_20190903.php
    報名網頁: https://cancer-research.nhri.org.tw/v2019/workshop/
經費補助: 菸品健康福利捐

注意事項

  1. 報名參加者請填寫服務單位;並請提供正確E-mail,以便寄發報到通知。報名成功者將於 8月23日(星期五)E-mail通知上課說明。本教育訓練為免費,為維持上課品質,請於上課前10分鐘間完成報到。
  2. 電腦教室不能攜帶飲料進出 (包含食物及開水、飲料)。
  3. 上、下午皆報名成功者敬備午餐,全程參與者核發證書。
  4. 上、下午場完成訓練課程皆核發證書,提醒您課程結束時向工作人員索取,若參與全日課程,其證書將於下午場結束時一併發放。

洽詢方式

國家衛生研究院 三期癌症平台計畫辦公室 黃小姐 或 傅小姐
電話:(037) 206166 轉 35131 或 35132
傳真:(037) 586463
E-mail:abbyhuang@nhri.edu.tw
hsiaochun@nhri.edu.tw

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