高通量資料分析研習會:基因表現分析為例(花東場)
主辦單位
國家衛生研究院
協辦單位
花蓮慈濟醫院

補(捐)助計畫:
主要計畫:
衛生福利部「第3期癌症研究跨機構合作平台及其整合應用(第3年)」計畫
(計畫編號: MOHW109-TDU-B-212-134026)
其他計畫:
科技部生技醫藥生物資訊核心設施
指導單位
衛生福利部科發技展組

簡介

本次研習會旨在研討如何利用高通量數據(high-throughput data)所提供之特殊機會,來提高生物醫學實驗之真實性(validity)與再現性(reproducibility),並促進各相關領域的合作。

基因表現反映了細胞的企圖,所以探究基因表現的圖譜(profile)往往能夠一窺究竟細胞於疾病發生或病程演進中所涉之分子層次的數量(quantitative)或質性(qualitative)的變化,除能幫助了解疾病之機轉外,亦提供吾人相關之疾病相關分子特徵(signature),後者更可供輔佐臨床診斷或預後之實行。能夠有效分析並利用以大規模臨床檢體之基因組表現研究計畫所產生之高通量基因表現數據,正是當代研究者據以進入精準醫學殿堂之基礎。本次研習將分享如何著重再現性、統計推論、以及生物路徑解釋的分析經驗與心得,並介紹近來極受重視的組織微環境中異質細胞組成分析法之原理與實作應用。茲簡述課程內容如下:

  1. 高通量數據資料的品質控制(quality control):利用數據本身提供的negative/positive control probe及其資料之高通量(high-throughput)特性對資料提供品質檢查,排除品質不好的樣本;
  2. 顯著性分析(statistical significance):利用高通量資料的特性來估計已知或未知的batch effect/confounding variable,並放入適合的統計模型減輕它的影響,用以增加統計方法的power,並降低false discovery rate;
  3. 生物路徑分析(biological pathway analysis):探討如何利用高通量資料,產出在生物路徑層次的分析,得到更好的生物學解釋與及其真實性。
時間
109年7月16日(星期四)

地點
花蓮慈濟大學(花蓮市中央路三段701號)
B104階梯教室 (上午)
C304電腦教室 (下午)

報名費
本教育訓練(workshop)為免費,提供三期癌症計畫機構優先報名,額滿為止

上課人數
【上午課程解說】100人
【下午分析實作】55人
議程:
109年7月16日(四)
時間 題目 講師
09:00-10:00 Introduction to cancer risk prediction: model construction and evaluation. 癌症臨床預測簡介: 統計模型之建立與評估 張憶壽 名譽研究員
10:00~10:10 Break休息
10:10-11:10 Introduction to utilization of public domain gene expression data repository for cancer research. 利用公共領域基因表達資料庫進行癌症研究之簡介
江士昇 助研究員
11:10~11:20 Break休息
11:20~12:20 Introduction to transcriptome data analysis: focusing on quality control, pathway analysis and cell typing. 簡介轉錄組資料之分析: 包括品質檢驗, 路徑分析與 細胞分型
陳中興 博士
12:20~13:30 Lunch午餐
13:30~15:00 Pathway analysis for gene expression profiling studies (array and RNA-seq) using GSEA (hands-on practice). GSEA分析實作 江士昇 助研究員
陳中興 博士
蔡芳榆 女士
15:00~15:30 Introduction to xCell (hands-on practice).xCell分析實作 陳中興 博士
15:30~16:00 Questions and Answers問題討論 江士昇 助研究員
陳中興 博士
蔡芳榆 女士

*張憶壽 國家衛生研究院 癌症研究所 名譽研究員
*江士昇 國家衛生研究院 癌症研究所 助研究員
*陳中興 國家衛生研究院 癌症研究所 博士
*蔡芳榆 國家衛生研究院 癌症研究所 研究助理

 

報名方式:
  1. 線上報名:請至活動報名網頁報名,即日起至109年7月1日(星期三)或額滿為止。
  2. 活動網址: https://mohwcrp.tw/education/workshop/course_20200716.php
  3. 線上報名:請至https://mohwcrp.tw/workshop/
經費補助: 菸品健康福利捐

注意事項

  1. 報名參加者請填寫服務單位;並請提供正確E-mail,以便寄發報到通知。報名成功者將於 7月2日(星期四)E-mail通知上課說明。本教育訓練為免費,為維持上課品質,請於上課前10分鐘間完成報到。
  2. 電腦教室不能攜帶飲料進出 (包含食物及開水、飲料)。
  3. 上、下午場皆報名成功者敬備午餐,請憑餐券領取便當。
  4. 上、下午場完成訓練課程皆核發證書,提醒您課程結束時向工作人員索取,若參與全日課程,其證書將於下午場結束時一併發放。

洽詢方式

國家衛生研究院 三期癌症平台計畫辦公室 黃小姐 或 洪小姐
電話:(037) 206166 轉 35131 或 35132
傳真:(037) 586463
E-mail:abbyhuang@nhri.edu.twHsincih@nhri.edu.tw

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